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    <div class="inner-header">
        <h1 style="margin: 0">公共数据库获取转录组分析所需相关文件操作说明</h1>
    </div>


    <div class="main-body">

        <div style="padding:20px 40px 0 40px">

            <div  class="title">

                <p><b>包括：参考序列（FASTA）、注释信息（GTF）、转录本序列（FASTA）、基因与转录本关系信息（TXT）、GO功能注释（TXT）、KEGG功能注释（TXT）。</b></p>

                <p><b>完整操作说明如下所示：</b></p>

                <p>1、通过网址 “<a href="http://asia.ensembl.org/index.html" target="_blank">www.ensembl.org</a>” 访问Ensembl基因组数据库网站。</p>
                <p>2、如果需要下载植物相关的数据，点击主页下方的 “Ensembl Plants” 链接进行切换。示意图如下所示：</p>
                <img src="@routes.Assets.at("images/getData/image002.jpg")">


                <p>3、以拟南芥为例，下面展示完整的操作步骤。</p>
                <p>4、点击主页最上方的 “Downloads” 链接进入FTP下载页面。示意图如下所示：</p>
                <img src="@routes.Assets.at("images/getData/image004.jpg")" >

                <p>5、在FTP下载页面， “Single species data” 部分找到拟南芥物种。示例图如下所示：</p>
                <img src="@routes.Assets.at("images/getData/image006.jpg")" width="1120px">

                <p>6、点击 “DNA” 列对应的FASTA链接，进入参考序列FTP下载界面，选择下载 “Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.fa.gz” 并解压。</p>
                <p>7、点击 “GTF” 列对应的GTF链接，进入注释信息FTP下载界面，选择下载 “Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.fa.gz” 并解压。</p>
                <p>8、点击主页最上方的 “BioMart” 链接进入BioMart页面。示意图如下所示：</p>
                <img src="@routes.Assets.at("images/getData/image008.jpg")">

                <p>9、在BioMart页面中，点击 “CHOOSE DATABASE” 选项，选择Genes数据库，物种选择拟南芥。示例图如下所示：</p>
                <img src="@routes.Assets.at("images/getData/image010.jpg")">

                <p>10、点击页面左侧的 “Attributes” ，接着在右侧 Features大类，EXTERNAL栏目中将 “GO term accession” 选中。示意图如下所示：</p>
                <img src="@routes.Assets.at("images/getData/image012.jpg")">

                <p>11、点击页面左上角的 “Results” 按钮图标，进入导出数据页面。示意图如下所示：</p>
                <img src="@routes.Assets.at("images/getData/image021.jpg")">

                <p>12、在数据导出页面上方，点击 “Go” 按钮图标进行下载。示意图如下所示：</p>
                <img src="@routes.Assets.at("images/getData/image024.jpg")">

                <p>13、下载的文件名称为  “mart_export.txt” ，包含拟南芥基因对应的GO号信息。</p>
                <p>14、这样我们得到三个文件，分别为：  “Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.fa”  “Arabidopsis_thaliana.TAIR10.44.gtf”  “mart_export.txt”。</p>
                <p>15、将三个文件导入到VG转录组软件中，
                    <a href="@routes.HelpController.operation()#operation2" target="_blank">点击这里查看数据导入导出操作说明</a>。</p>
                <p>16、在Workflows Browser中，双击流程 "Prepare: Ensembl Genome and Annotation Data Process" ，弹出通过流程创建项目对话框，并设置独立的项目名称和工作目录。</p>
                <p>17、双击打开项目，并将三个文件作为项目流程的输入。运行项目，即可得到转录组分析所需相关文件。</p>
                <p>18、如下所示，这些文件用于后续的比对、定量、功能富集分析。</p>

                <p>参考序列（FASTA）：Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.fa</p>
                <p>注释信息（GTF）：ref_clean.gtf</p>
                <p>转录本序列（FASTA）：transcripts.fasta</p>
                <p>基因与转录本关系信息（TXT）：gene_trans_map.txt</p>
                <p>GO功能注释（TXT）：GO_anno.txt</p>
                <p>KEGG功能注释（TXT）：KEGG_anno.txt</p>

                <img src="@routes.Assets.at("images/getData/image027.jpg")" width="1120px">


                <p></p>

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